本校生醫理工學院將以「培育跨領域人才」、「革新跨領域研究」及「生醫產業化」三大方針為宗旨，設計組織架構及教學研究方向。
以跨領域教學方法培育21世紀生醫人才：重新整體規劃新學院課程，使各系所開設課程能彼此互補，適當調整必修課程與選修課程比例，以提高學生修課彈性。院內各系所教授可在大學部視需求合作開授課程，相互支援並平均分擔大學部授課壓力；另外多為非生醫背景學生開設入門課程，提高理、工、資電學院學生修課意願，並養成所需生醫專業能力，達到「培育跨 領域人才」之目標。並規劃進修專業課程與研究，即早為畢業後深造或就業準備。
追求卓越的跨領域研究：除了強化不同學門間的交流互動之外，將以「實驗室導向」與「臨床導向」並重與結合的做法推進研究。為了進行臨床導向的研發，本校生醫理工學院將以新成立之「跨領域轉譯醫學研究所」為連結平臺，由就讀醫師後博士學程之臨床醫師帶入臨床實際問題，再集合學院內各領域研究人員乃至業界菁英之力合作解決。
輔助生醫產業升級：除與臨床醫師的緊密合作外，本學院並將積極邀請業界先進參與教學與研究。學院內各博士學程的論文題目，將儘量以臨床或生技導向選題，再回到實驗室或研究室尋求解決方案，另外並邀請業界專家定期討論、了解研究成果，同時釐清商品化所需的技術門檻、適合的產、銷、服務模式以及智財相關議題，如此密切整合的大環境必可大大提高研發出成功產品的機率。